Das Institut für Angewandte Ökosystemforschung erforscht und bewertet seit fast 20 Jahren terrestrische und aquatische Biotope und Ökosysteme. Arbeitsschwerpunkt der 1993 gegründeten privatwirtschaftlichen Forschungseinrichtung ist ökologisches Monitoring, das in Empfehlungen für den nationalen, wie auch europäischen Naturschutz (EU-Wasserrahmenrichtlinie, Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie) und die Raum- und Umweltplanung mündet. Das nötige Know-how gewährleisten 65 Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler sowie qualifizierte Techniker verschiedener Disziplinen (Biologie, Geographie, Geologie, Ingenieurwesen etc.) und ein seit Jahren etabliertes internationales Netzwerk von Partnerforschungseinrichtungen: Gemeinsam und übergreifend untersuchen wir komplexe ökologische Fragestellungen.

Ziel der Forschungsarbeiten am Institut für Angewandte Ökosystemforschung (IfAÖ) ist die Beschreibung natürlicher Ökosysteme sowie die Abschätzung, Bewertung und Dokumentation von Änderungen, die teils natürlich, teils durch menschliche Nutzung hervorgerufen werden. Daneben bietet das Institut Koordination, Beratung und Dienstleistung für Landes- und Bundesbehörden.

Zur Umsetzung der fachlich sehr anspruchsvollen Aufgaben ist das IfAÖ mit modernster Technik ausgestattet. Dazu gehören z. B. ein institutseigenes benthosökologisches Labor, Sedimentanalytik, standardisierte Probenahmegeräte, ein ferngesteuertes Unterwasserfahrzeug, Unterwasservideokameras, Radargeräte und automatische Kamerasysteme zur Erfassung des Vogelzugs für den Einsatz auf hoher See, im Küstenbereich und auf Binnengewässern. Annähernd 12.000 auf Artniveau bestimmte, in einer Belegsammlung archivierte Individuen aus 600 Organismenarten befinden sich im Archiv des IfAÖ. Gemeinsam mit einer leistungsstarken Informationstechnik sind dies optimale Voraussetzungen für eine effiziente Durchführung von Forschungsvorhaben und Auftragsarbeiten auf wissenschaftlichem Spitzenniveau.